NemKonto-systemet er i drift 24 timer i døgnet, 7 dage om ugen og 365 dage om året.
Undtaget er de perioder (herefter kaldet servicevinduer), hvor det er nødvendigt at gennemføre eksempelvis systemopdateringer, omlægning af driften og netværksforbindelser. Under normale omstændigheder lægges servicevinduerne i nattetimerne maksimalt otte gange pr. år. De har en varighed på et par timer.
Orientering om servicevinduer publiceres på www.digitaliser.dk, hvor private kontoformidlere kan holde sig orienteret om driften for NemKonto-systemet.
Kontoopslag kan foretages, når den private udbetaler skal foretage en udbetaling til en betalingsmodtager inden for fire bankdage.